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周小波教授访问西电开展学术交流
更新时间:2018-11-26 17:02:00点击:

(通讯员 沈晓敏)应生命科学技术学院黄力宇教授邀请,美国德州大学休斯顿医学中心终身正教授,计算系统医学中心主任,中国千人计划特聘专家周小波教授于2018年11月20日-21日来学校交流访问,与学校相关师生进行了亲切友好的座谈。并于11月21日作题为“From (Epi)genetics to Single Cell Sequencing Analysis”的学术报告,报告会在北校区新科技楼303会议室举行,共30多名师生参加了报告会。

周教授主要从基因组学、表观遗传组学和单细胞测序数据来揭示选择性剪接对于细胞命运影响的研究工作。选择性剪接(Alternative splicing),也称可变剪接,是指从同一个mRNA前体中通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点组合)产生不同的mRNA剪接异构体的过程,而最终的蛋白产物会表现出不同或者是相互拮抗的功能和结构特性,或者,在相同的细胞中由于表达水平的不同而导致不同的表型。周老师主要介绍了关于选择性剪接的两项工作。

1. DeepCode

第一个工作主要是给予深度学习模型DeepCode,主要是从两篇文献(Bing Ren: Cell, 2013, 153:1134-1148,Alexander Meissner: Cell, 2013, 153, 1149-1163)和数据库(ENCODE/Roadmap)中提取了RNA-seq转录组学数据、7个组蛋白乙酰化和9个组蛋白甲基化等组蛋白修饰(histone modification)的Chip-seq表观遗传组学数据,提取large-scale特征集,构建深度学习网络,预测alternative 5’donor site, alternative 3’acceptor site, intron rentension, exon skipping和mutually exclusive exon这5种alternative splicing pattern。

2. Splicing genetic code regulating stem cell fate

这项工作主要是研究组蛋白修饰->选择性剪接AS->细胞循环(cell cycle: G0-G1-S-G2-M)->细胞命运(continue differentiation, self-renewal, apoptosis)的机制。通过差异分析、富集分析等统计分析方法关联研究,提出了组蛋白H3K36me3相关的两种PBX1的亚型(选择性剪接导致的PBX1a和PBX2b,这两种亚型相互竞争)可能对人类胚胎干细胞(human embryonic stem cell, hESC)的命运有一定的作用,并通过生物实验一定程度上验证了该假设的成立。

在报告的提问互动环节,周小波教授与在场师生积极互动,耐心细致地答疑解惑,并且周教授耐心的听了部分同学的研究方向及目前所遇到的问题,对同学们所遇到的问题都进行了积极的指导,让所有同学老师都受益匪浅。

人物简介:

周教授目前是美国德州大学休斯顿医学中心的终身正教授,计算系统医学中心主任,中国千人计划特聘专家,还是美国著名的私立大学维克森林大学(US news排名在23-27)的终身正教授,生物信息与系统生物研究中心主任,生物信息学首席科学家。他目前领导四个实验室的研究工作。周教授长期从事数据挖掘,生物信息学,医学信息,系统生物学,和生物医学成像的研究并作出了卓有显著的贡献。发表了近250多篇期刊论文,其中包含Science,Nature Series, Genome Biology等顶尖期刊。周教授还组织了美国NIH NCI U54癌症干细胞系统建模研究中心(Co-PI),基于学习的临床大数据卫生系统的网络研究中心(site PI of PCORI with Harvard),NIH CTSA U54临床和转化研究中心(临床与转化医学信息部主任),NCI指定的综合性癌症中心-癌症生物信息主任,以及NIA指定的老年痴呆症研究中心的系统生物负责人。周教授目前也主持参与多项国自然和精准医疗重大专项项目。

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